Alexander VI

１４３１年１月１日

シャティバで生（１４３０年、１４３１年１月１４日、１４３２年）。

１４４４年

聖職禄を受け取る。

１４４５年

バレンシア司教座聖堂聖歌隊員。

１４４５年

バレンシアのSacrista又はchantre。

１４４８年

バレンシア、バルセロナ、セゴルベの司教座聖堂参事会員。

１４４９年

Culera司祭、Alziraの教区司教。シャティバのchantre。

１４５５年５月１０日

母方の伯父教皇カリストゥス３世により教皇秘書に任命される。

１４５５年６月３日

サンタ・マリア・デ・シャティバ修道院長。それと同時にバレンシアの聖職禄を受け取る。

１４５６年２月２０日

カリストゥス３世により助祭枢機卿に叙任され、コンクラーヴェへの参加も認められる。

１４５６年８月２１日

ヴェルチェッリのサンタンドレア修道院長。

１４５６年９月１７日

枢機卿叙任が公表される。サン・ニコラ・イン・カルチェレ助祭枢機卿。

１４５６年１０月１８日

ボローニャに向け出発。

１４５６年１１月１６日

ボローニャから戻る。

１４５６年１１月１７日

赤い帽子が授与される。

１４５６年１２月

マルケ・アンコニターナの教皇特使。

１４５７年１月１９日

教皇特使として出発。

１４５７年５月１日

教皇庁副尚書院長に任命される。年俸８千フィオリーノ。

１４５７年１１月２６日

教皇特使派遣から戻る。

１４５７年

イタリア領内教皇軍総司令官（generalissimo）。

１４５７年～１４５８年６月３０日

ジェノヴァの教区長。

１４５７年

カスティーリャ、ヘローナ教区長。

１４５８年３月

カリストゥス３世とナポリ王アルフォンソ５世・デ・アラゴンの仲裁に従事。

１４５８年６月３０日

バレンシア司教。

１４５８年６月

サンタ・マリア・イン・ヴィア・ラタ助祭枢機卿として空位の聖職禄を受け取る。

同日、バレンシア、Valldigneのシトー修道会の空位の聖職禄を受け取る。

１４５８年７月２６日

瀕死のカリストゥス３世のため、ティヴォリからローマに戻る。

１４５８年８月６日

カリストゥス３世死。

兄ペドロ・ルイス・デ・ボルハと共に変装してローマから逃亡。

後年、サン・ピエトロ大聖堂に隣接するサンタンドレア教会にカリストゥス３世の霊廟を建てる。

１４５８年９月２６日

兄ペドロ・ルイス・デ・ボルハ死（１４５８年１２月）。

１４５８年

コンクラーヴェに参加。

１４５９年１月２２日

新教皇ピウス２世に従いローマを出発。ペルージア、シエナに行く。

１４５９年４月１８日

この日にはシエナのビーキ宮殿に滞在している。

１４５９年

フィレンツェとマントヴァで、ピウス２世はマントヴァ公会議を開いていたが、自身はシエナに残る。

１４６０年６月８日

シエナのテリアッチ宮殿の庭園で、ヤコポ・アンマンナーティ司教と共に乱痴気騒ぎ。万人の噂の的になり、顰蹙を買う。

１４６０年６月１１日

教皇ピウス２世がバーニ・ディ・ペトリオーロにて、彼の不品行を戒めるこの日付の手紙をしたためる。

１４６０年

マントヴァ公会議でヴァノッツァ・デイ・カッタネイと知りあう（１４６６年、１４６７年）。

１４６１年１２月

ローマに戻る。

１４６２年４月１２日

聖アンデレの頭部の聖骨がローマ市内に運ばれてきた機会に、自身の宮殿に装飾を施す。造幣局の跡で、伯父カリストゥス３世から、２千ドゥカートで購入したもので、現在はスフォルツァ・チェザリーニ宮殿の一部となっている。聖骨の運ばれる道筋は全て贅沢に飾り付けられたが、彼の宮殿は「豪華、創意、熱意」の３点で、他を圧倒した。高くそびえるその堂々とした建物は、つづれ織りで覆われ、前面の広場は巧妙な仕掛けで溢れていたから、あたかも「甘美な音色に満ちた大庭園、世に伝え聞くネロの黄金の館」のようだとピウス２世に評される。

１４６２年６月１７日

ヴィテルボでピウス２世が祝った聖体祭の、通りの演出を指揮。

１４６２年

この年？、ピウス２世の命により、ピエンツァにヴェスコヴィーレ宮殿を建て、ファサードにボルジア家の紋章をつける。

１４６３年３月～１４７１年８月３０日

首席助祭枢機卿。

１４６４年７月

テルニでピウス２世に加わり、アンコーナへ従う。

１４６４年８月初め

ピウス２世の死の前まで病気にかかる。

１４６４年８月１４日

ピウス２世、アンコーナで死。

１４６４年

コンクラーヴェに参加。

１４６４年９月１６日

まだ病気から立ち直っておらず、即位した新教皇パウルス２世に冠を被せられず。

１４６８年

助祭枢機卿に叙階される。

１４６９年１月９日

アンジェロ・カプラーニカ枢機卿と共に、ローマからヴィテルボへ、神聖ローマ帝国皇帝フリードリヒ３世に随行。

１４７０年５月～１４７０年１０月

ローマを不在にする。

１４７１年

コンクラーヴェに参加。

１４７１年８月２２日

首席助祭枢機卿として新教皇シクストゥス４世に冠を被せる。

１４７１年８月３０日

司教枢機卿団とアルバーノ司教枢機卿を選び、助祭枢機卿を辞任。同時にスビアーコのベネディクト会修道院の聖職禄を受ける。

１４７１年１０月３０日

司祭枢機卿に叙階される。司祭に叙階され、司教に任じられる。

１４７１年１２月２３日

オスマン・トルコに対するキリスト教世界の防衛を説くため、シクストゥス４世よりスペイン王への教皇特使に任命される。

１４７２年１月８日

オスティアに出発する時、カメルレンゴに任命される。

１４７３年１０月２４日

カタロニアとスペインへの教皇特使派遣から戻る。スペイン王説得には失敗。地中海で強い嵐に遭遇し、３万フィオリーノ失う。

１４７３年１０月２５日

枢機卿会議で公けにシクストゥス４世に迎えられる。

１４７５年１月１４日

ナポリ王フェッランテ・ダラゴーナに会うためテッラチーナに行き、ローマへ随行。

１４７５年１月２８日

フェッランテ・ダラゴーナに随行し、ローマ到着。

１４７５年２月１日

フェッランテ・ダラゴーナに随行し、マリーノ到着。

１４７６年６月１０日

ペストのため、シクストゥス４世に従いヴィテルボ到着。

１４７６年７月２４日

ポルト・エ・サンタ・ルフィナ司教枢機卿を選び、ナルニにて枢機卿団で祝う。

１４７６年８月

フォリーニョに行く。

１４７７年６月２５日

フェッランテ・ダラゴーナの妻で新女王フアナ・ダラゴーナ戴冠のための教皇特使に任命される。

１４７７年８月２２日

ナポリへ出発。

１４７７年１０月４日

ナポリから戻る。

１４７８年３月２１日

聖霊協会に名前を刻む。

１４８２年１月

おそらく自分の宮殿の改築のため、この頃はステファノ・ナルディーニの宮殿（現ゴヴェルノ・ヴェッキオ宮殿）に住む。

１４８２年７月８日

スペイン、カルタヘナ教区長に任命される。

１４８３年１月２２日

ギヨーム・デストゥトヴィル枢機卿、死。首席枢機卿になる。当時最も富裕な枢機卿で、贅沢な生活を送る。

１４８３年

サンタ・マリア・マッジョーレ大聖堂首席司祭に任命される。

１４８４年

コンクラーヴェに参加。インノケンティウス８世が教皇に選ばれる。

１４８４年

アスカーニオ・マリーア・スフォルツァが、現スフォルツァ・チェザリーニ宮殿である彼の宮殿について詳細な記述を残す。巨大なつづれ織りには狩猟の場面が描かれ、絨毯は家具に調和し、天蓋のついた長椅子は真紅の繻子で覆われ、陳列棚には金銀の器が並べられていたという。

１４８５年８月２６日

この日より少し前セビリア大司教に選ばれたが、大司教座を占めることなく、数日後辞退する。

１４８７年

スペイン、ナヘラのサンタ・マリア・ラ・レアル修道院長。

１４８９年１０月９日

スペイン、マヨルカ島司教に選ばれ、聖職禄を受け取る。教皇に選出されるまで占有。

１４８９年１１月１８日

新教皇インノケンティウス８世に従い、オスティアに行く。

１４９０年１２月２０日

ヴィチェンツァ教区のサンタ・マリア・ディ・リヴォプッロ、ベネディクト会修道院の空位の聖職禄を辞退。

１４９１年７月８日

モンレアーレ大司教区のサンタ・マリア・ディ・モンテアグ、ベネディクト会修道院と、メッシーナ教区のサン・フィリッポ・ファルガーラ、バシリカ式修道院の空位の聖職禄を辞退。

１４９１年８月１６日

スペイン、ウルジェイ教区のアゲレー修道院の空位の聖職禄を辞退。

１４９１年

ハンガリー、エゲル教区長。教皇に選出されるまで占有。

１４９２年１月２日

この日、スペイン両王がグラナダ王国を制圧。

ローマで、ローマ初の闘牛を開催。

１４９２年７月９日

バレンシアの教区が大司教区に昇格したため、バレンシア大司教となる。

１４９２年７月２５日

深更、インノケンティウス８世死（１４９２年７月２６日）。

１４９２年８月５日

この日まで９日間、インノケンティウス８世の葬儀が行われた。

１４９２年８月６日

サン・ピエトロ大聖堂に枢機卿たちが集まり、ジュリアーノ・デッラ・ローヴェレ枢機卿が朗誦し、ロドリゴがPro eligendo Ponteficeを朗読。枢機卿たちが福音書に誓いを立てる。

コンクラーヴェ、開催。自派の枢機卿を動かして自派の者を教皇に立てようとするイタリア及びヨーロッパの諸国、諸権力者の政治的打算、思惑と動向に各枢機卿の個人的それらとが絡みながら、表裏両面での多数派工作、激烈に展開される。

１４９２年８月１１日

空前絶後と言われる激しい贈収賄と聖職売買により、ほとんどの者の予測を超えて教皇に即位し、アレクサンデル６世を名乗る（１４９２年８月１０日）。

ピエロ・イル・ファトゥオらフィレンツェ代表団がローマに赴いて教皇即位を祝し、恭順の意を表したのを初め、イタリア諸国の代表団、彼の即位に不満のジェノヴァのそれをも含めて陸続とローマに赴き、新教皇に祝意と恭順の意を表する。

この各国代表団を一団にまとめてその中心に位置しようと企図していたルドヴィーコ・イル・モーロは、ピエロ・イル・ファトゥオに無視され、先を越され、フィレンツェに警戒心を抱く。

１４９２年８月２６日

フランチェスコ・トデスキーニ枢機卿の手で戴冠される。

１４９２年８月３１日

即位後初の枢機卿会議で、甥で親友のモンレアーレ大司教フアン・ランソル・イ・ボルハを枢機卿に叙任したのに加え、息子チェーザレ・ボルジアをスペインのバレンシアの大司教に叙任。

この後も、こうした閥族主義を赤裸々に繰り広げ、その関心はただ親族、ことにチェーザレ・ボルジア以下４名の庶子たちの繁栄と権勢の強大化にあると評される。

１４９３年

この頃までに、教皇選出過程以来の自分への執拗な敵対者であるローマの貴族勢力の掃蕩を決意。これに対しオルシーニ家、コロンナ家、枢機卿ジュリアーノ・デッラ・ローヴェレ及びフェッランテ・ダラゴーナら、結束。

１４９３年４月２５日

サン・マルコ同盟：ルドヴィーコ・イル・モーロとヴェネツィア共和国と共に防衛同盟を締結。ルドヴィーコ・イル・モーロとその弟、アスカーニオ・マリーア・スフォルツァ枢機卿の主導により、前年のフェッランテ・ダラゴーナとピエロ・イル・ファトゥオの連携に抗す。ルドヴィーコ・イル・モーロとヴェネツィア共和国はヴィルジーニオ・オルシーニが取得したチェルヴェーテリとアングイララの奪回のための軍事負担に同意し、教皇の身辺警護の軍を派遣。

間もなくこの同盟にシエナのパンドルフォ・ペトルッチ、ヤコポ・ペトルッチ兄弟、フェッラーラのエルコーレ１世・デステ、マントヴァのフランチェスコ２世・ゴンザーガも加わる。

１４９３年５月４日

新発見地におけるスペイン、ポルトガル両国の境界を、専らスペインに有利に設定。教皇境界線、教皇子午線。

１４９３年５月２３日

小勅書を発し、院長ジローラモ・サヴォナローラの人望、令名の下で入会者と喜捨が増大し大所帯となったフィレンツェのサン・マルコ修道院のロンバルディア修道会からの独立を渋々、承認。

１４９３年６月１２日

フェッランテ・ダラゴーナに抗してルドヴィーコ・イル・モーロとの連携を強めるべく、娘ルクレツィア・ボルジアとルドヴィーコ・イル・モーロの親族でペーザロの君主ジョヴァンニ・スフォルツァとの結婚をまとめ、この日、ヴァティカン宮殿で自分や枢機卿たちの出席のもとで豪奢な式典を挙げ、夜を徹して享楽の宴を繰り広げる。

朝、招待された貴婦人たちが初めに入場したが、その多くは教皇の前に跪くことを忘れるほどに興奮。８人の枢機卿に取り巻かれて新郎の到着を待ち受ける。

披露宴で、女たちの開いた襟元へボンボンを投げ込む遊びに興じる。

１４９３年７月下旬

ヴィルジーニオ・オルシーニ及びジュリアーノ・デッラ・ローヴェレとの和解に成功。続いて、この両者の背後にいるフェッランテ・ダラゴーナからの１４９３年６月の提案及びフェルナンド２世・デ・アラゴンからの同時期の提案を入れるなど、自己防衛を着々と進める。

これらにより、１４９３年４月の教皇、ミラノ及びヴェネツィアなどの対ナポリ同盟、空に帰し、ルドヴィーコ・イル・モーロはさらにシャルル８世に傾斜。

１４９３年８月５日

この日頃シャルル８世の特使Perron de Baschiから、シャルル８世のナポリ王叙任を求められるが、曖昧な返答に終始（１４９３年８月６日）。

１４９３年９月１５日

女婿ジョヴァンニ・スフォルツァ宛てに手紙をしたためる（フィレンツェ古文書館所蔵羊皮紙）。「アスカーニオ・マリーア・スフォルツァと長い話し合った。寒いけれども空気が身体によくなる１０月１０日か１５日以降、貴殿がローマに戻り、貴殿の妻との婚姻を成就するということで我々は一致した」。その時に、希望の５千ドゥカートだけでなく、持参金の３万ドゥカートも供与するであろうし、扶助料についても最善を尽くすであろう、即刻返事をせられんことを、と回答。

１４９３年９月１８日（水）

枢機卿会議でチェーザレ・ボルジアの嫡出認知の案件をに承認させる。

１４９３年９月１９日（木）

法的にはドメニコ・ダ・リニャーノが父親とされているチェーザレ・ボルジアが、特別な配慮によってボルジアの姓を名乗る権利を彼に認める勅書を発する。その一方で、自身が父親であることを認める勅書も発する。

１４９３年９月２０日（金）

息子チェーザレ・ボルジアを枢機卿に叙任したのを初め、ドイツ神聖ローマ帝国からレイモンド・ペラウルド、フランス王国からジャン・ド・ビレール・ド・ラグロラ、スペイン王国からベルナルディーノ・カルバハル、イギリス王国からジョン・モートン、ヴェネツィア共和国からドメニコ・グリマーニ、ミラノ公国からベルナルディーノ・ルナーティとジョヴァンニ・アントーニオ・サンジョルジョ、ローマからアレッサンドロ・ファルネーゼとジュリアーノ・チェザリーニ、フェッラーラ公国からイッポーリト・デステ、ハンガリア・ポーランド王国からフリデリク・ヤギェロンチクを任じる。

このようにイタリア及びヨーロッパの主要国、君主の配下の者がもれなく含まれていながら、フェッランテ・ダラゴーナの配下の者だけは含まれず。このため和解して２ヶ月足らずでフェッランテ・ダラゴーナとの関係、再び悪化の兆しを見せる。

１４９３年１０月

チェーザレ・ボルジアを伴いオルヴィエートを訪れる。かつての繁栄を失いすさんだ町の復興をはかる。

１４９３年１０月

カポディモンテの城で主催するファルネーゼ家の集まりに、チェーザレ・ボルジアと共に招かれる。実際にそれが行われたのか、招待を受けて行ったのかどうかは不明。

１４９３年１０月３０日

ヴィテルボにて、子フアン・ボルジア宛てに厳しい非難の手紙をしたためる。

１４９４年１月２５日

フェッランテ・ダラゴーナ死。子アルフォンソ２世・ダラゴーナ、ナポリ王に即位。

フェッランテ・ダラゴーナの死後ナポリ王位継承を承認するよう求めるシャルル８世に対して態度を保留していたが、この要求を退けアルフォンソ２世・ダラゴーナの継承を承認。

１４９４年２月３日

シャルル８世に宛て小勅書を発し、異教徒の侵略にキリスト教世界が団結して対処せねばならぬ今、イタリアの平和を乱すことは許されぬと警告。

１４９４年２月

フアン・ボルジアの子が誕生する予定であるとの知らせが届く。

１４９４年３月１４日

ナポリ王アルフォンソ２世・ダラゴーナの大使から忠誠を誓いを受ける。

１４９４年３月２２日

アルフォンソ２世・ダラゴーナと、１４９３年８月の前ナポリ王、故フェッランテ・ダラゴーナとの和解に基づき協定を締結。

１４９４年４月

この頃、教会領の小領主たちを潰す野心を見せ始める。

１４９４年６月７日

トルデシリャス条約：１４９３年５月の教皇境界線に不服のポルトガル、直接スペインと協議。両国、境界線を若干西方に移して海外領土の境界を確定。両国の紛争、終結。

１４９４年６月

ジューリア・ファルネーゼ宛てに手紙をしたためる。

　あなたは、あなたの靴の紐を解くにも値しないと思われる女性の美しさを、寛大にも褒め称えておられるが、それはあなたが大変に謙遜しておいでだからだと分かります。そして、私に手紙をくれる誰もが、あなたに比べればその女人の如きは太陽の傍らに置かれたランプの如きものだと書いていることを、あなたが知っておいでだからだ、と承知しています。あなたがその女人の美しさを語ると、私は、一度も疑問になど思ったことのないあなたの完璧な美しさを思うのです。そして、これは私にもはっきりと分かっているのですが、あなたをこの世の何よりも愛している人物にあなたが全くかつ完全に愛着せられんことを望むものです。そして、あなたがあの決心をなさった時には——まだしていないなら——、あなたを賢く立派な人と認めるのにやぶさかではありません。

１４９４年６月

ルクレツィア・ボルジア宛てに手紙をしたためる。

　愛しい我が子、ルクレツィアよ、お前は余に、恐ろしい不満と苦悶に満ちた数日を送らしめた。お前が死んだとか、助かる望みの全くない重病にかかったと伝える残酷な噂がローマに流れたからである。これらの風聞の結果、この世のいかなる人物に対してよりもお前に対して大いなる愛を抱く余の魂がどのような苦しみを味わったか、お前は考えてみることができよう。お前の手によって書かれた手紙が届くまでは、悪しき風評がお前の重病を伝えたりして、余の心は片時も休まることがなかった。お前を危険から救い給うた神と栄えある聖母に感謝しよう。確かなことは、お前をこの目でじかに見る時までは、余の心は本当には休まらぬということである。

１４９４年７月８日

アドリアーナ・デル・ミラ宛てに手紙をしたためる。

　これまでジョヴァンニ・スフォルツァがその計画についてお前たちに何も語っていないのなら、アドリアーナ・デル・ミラとフランチェスコ・ガセットがそのことを口にすべきである。ただし、十分な用心が肝要である。もし、ルクレツィア・ボルジアが一緒に発つことにジョヴァンニ・スフォルツァが同意し、彼自身はその部隊を指揮し、町と国を守るためにペーザロに居残るというなら（とりわけ、フランス軍が陸路と海路から侵入しようとしている時であるから）、私はお前たちのことでいっそう執拗に手紙を書こう。何しろ、現在、多くの兵士があの地方に結集するであろうという状況の下で、お前たちがペーザロにいるのは好ましいこととは思えないからである。

１４９４年７月１４日

ティヴォリ近郊ヴィコヴァーロにて、チェーザレ・ボルジアを伴ってアルフォンソ２世・ダラゴーナと会見し、シャルル８世の侵攻に備えてナポリとの軍事的結束を強化（１４９４年７月１５日）。

１４９４年７月１８日

ヴィコヴァーロからローマに戻る。

１４９４年７月２４日

サン・ピエトロ大聖堂にて娘ルクレツィア・ボルジア宛てに手紙をしたためる。フアン・ロペスが代筆。

　最愛の娘ルクレツィアへ。数日間全く手紙が届いていない。あなたと愛する息子ジョヴァンニ・スフォルツァの様子を伝える手紙を、せっせと寄こさないとは驚きだ。これからはもっと気にかけ、熱心になりなさい。ジューリア・ファルネーゼの兄アンジェロ・ファルネーゼの死の知らせがあったために、アドリアーナ・デル・ミラとジューリア・ファルネーゼはカポディモンテに行ってしまった。彼の死はアレッサンドロ・ファルネーゼ枢機卿とジューリア・ファルネーゼは悲嘆に暮れさせ、どちらも熱病にかかったくらいだ。ピエトロ・カランツァを世話にやり、医者や必要なものを届けさせた。すぐに健康を取り戻すように、神と聖母に祈っている。実のところ、アドリアーナ・デル・ミラとジューリア・ファルネーゼの出立について、私の許可なしに行かせたことで、ジョヴァンニ・スフォルツァとあなたは、私を軽んじているところを見せた。知らされもせずにそのような突然の出立をされては私が不愉快になることを思い起こすべきだったし、それはあなたの責務だったのだよ。もしそれがアレッサンドロ・ファルネーゼ枢機卿の命によるものだったと言うのなら、教皇がどう思うのか考え及ぶべきだ。しかし、それは終わったことだけれども、次からはもっと注意深く、重要なことを見渡すようにするよ。私は、神と聖母のおかげで、いたって健康だ。アルフォンソ２世・ダラゴーナ王と会見を持ったが、まるで実の息子かのように好意と忠実を示してくれた。大きな満足と充実感を得て、我々は別れた。陛下が、臣下やその他全てのものを私に捧げてくれることに疑いはない。
　コロンナ家に対するあらゆる違いや不和が、３、４日休止になることを願うよ。健康に注意し、聖母にお祈りしなさいと、今あなたに言うことはそのくらいだ。

１４９４年１０月

ジューリア・ファルネーゼ宛てに手紙をしたためる。

　恩知らずにして不実なジューリア・ファルネーゼ、ナヴァルリコが持ち帰った手紙の中で、汝は夫の許可なしにはこちらへ出てくるつもりがないと述べておられる。汝の魂と汝を唆せる者の魂を悪しきものと判断はしたが、汝があれほどしばしば余の命には忠実に、そしてオルシーノ・ミリオラーティには近づかぬと確言し誓ったのであってみれば、これほどに不実な汝の振る舞いは何とも納得いたしかねる。今突然に汝はこれまでと反対のことをしようとし、生命の危険を冒してもヴァザネッロに赴き、恐らくあの種馬に再度身を委ねんとしている。要するに余が願うのは、汝とあの不実なるアドリアーナ・デル・ミラが汝らの過誤に気づき、然るべき悔悛を行うことである。最後に、本書簡によって汝に命ずるのは、カポディモンテあるいはマルタを離れぬこと、いわんやヴァザネッロに赴かぬことである。

１４９４年１２月１日

夜、４百名のフランス兵に護衛され、アドリアーナ・デル・ミラとジローラマ・ファルネーゼと共にジューリア・ファルネーゼがローマに帰還した際、金襴の縁取りをした黒ビロードの胴着を身につけ、スペイン風の見事な飾り帯に長剣と短剣を吊るし、バレンシア風の細身の長靴を履き、ビロードの帽子を被って迎える。

１４９４年１２月９日

フランス大使たちを謁見。教会領内自由通行を保障を求められるが拒否。

１４９４年１２月１８日

ヴァティカン、避難準備。

１４９４年１２月２４日

ナポリ軍の撤退を命じる。

１４９４年１２月３１日

シャルル８世は、シエナ、ヴィテルボを経て、この日軍と共にローマに入る。

予想を超えたシャルル８世軍の威力と進撃の速さに怯え、サンタンジェロ城に逃げ込む。

１４９５年１月１５日

シャルル８世と協定成立。彼にチェーザレ・ボルジアを人質として引き渡すこと、彼の軍の教会領内自由通行を保障すること、枢機卿ジュリアーノ・デッラ・ローヴェレをローマ近郊オスティアに復帰させることなどを約定。

但しシャルル８世、側近の判断と勧奨に従い、ジローラモ・サヴォナローラから説示された公会議開催、教会改革の要求を捨てて教皇への服従、恭順の意を公式に表明。

１４９５年１月１６日

ヴァティカン宮殿にて、シャルル８世と会見。

１４９５年３月２６日

ヴェネツィアのドージェに黄金の薔薇を授与。

１４９５年３月３１日

ヴェネツィア、ミラノ、スペイン、神聖ローマ帝国と共に、対シャルル８世、対フランス神聖同盟（ヴェネツィア同盟）を結成。フィレンツェ、フェッラーラは加盟を拒否。

１４９５年４月１２日

枝の主日。ヴェネツィア同盟成立を宣言。

１４９５年５月２８日

チェーザレ・ボルジア、枢機卿団と、ヴェネツィア共和国から提供された武装兵２百、馬千頭、歩兵３千を伴い、シャルル８世を避けてオルヴィエートへ向けローマ出発（１４９５年５月２７日、１４９５年５月３１日）。

１４９５年６月１日

シャルル８世、ローマに到着。

１４９５年６月３日

オルヴィエートにて、マクシミリアン１世の大使と会見。

１４９５年６月４日

フランス大使の引見を拒否。

１４９５年６月５日

ペルージアへ向かう。

１４９５年６月

チェーザレ・ボルジアを伴い、ペルージアのサン・ドメニコ教会にスオール・コロンバを訪れる。

１４９７年６月７日

フェデリゴ・ダラゴーナをナポリ王として承認。

１４９５年７月初め

ルドヴィーコ・イル・モーロと共に、フィレンツェを対シャルル８世、対フランス同盟に引き入れるべく新たな策動を開始。

１４９５年７月２１日

ジローラモ・サヴォナローラをフィレンツェの親フランス勢力の首領とみなし、彼を排するため、まず彼に対して小勅書を発し、君の見解の全てを知りたいからローマで自分に直接説明してくれと優しく命令。

１４９５年９月８日

フィレンツェで反ジローラモ・サヴォナローラ活動の中心をなしているサンタ・クローチェ聖堂に宛てた書簡で、ジローラモ・サヴォナローラを誤った教義を撒き散らす異端の伝道者と決め付け、彼の説教を禁止。同時にサン・マルコ修道会を旧に復してロンバルディア修道会に統合すると通告。これによってサン・マルコ修道会の長としてのジローラモ・サヴォナローラの地位と権威を奪おうと企図。

１４９５年１０月１６日

ジローラモ・サヴォナローラに宛て小勅書を発し、９月８日の小勅書での処分を保留しつつ彼の説教だけは改めて禁止。

１４９５年１１月１３日

シニョーリアは、アレクサンデル６世に書簡を送り、ジローラモ・サヴォナローラに説教を許可するよう懇請。

１４９６年６月１日

枢機卿会議で、ヴィルジーニオ・オルシーニ、ジャン・ジョルダーノ・オルシーニ、パオロ・オルシーニ、バルトロメオ・ダルヴィアーノが、フランス軍と共同で教会に反逆した罪を宣告し、財産を没収する勅書を発する。

ローマ貴族の制圧に乗り出し、ウルビーノ公グイドバルド・ダ・モンテフェルトロを雇ってオルシーニ家に公然と宣戦。バリオーニ家、ローヴェレ家、ヴィテッリ家はオルシーニ家を、コロンナ家は教皇を支援。

１４９６年８月１５日頃

ジローラモ・サヴォナローラのもとに密使を送り、説教の内容を穏やかにし、かつフィレンツェを対フランス神聖同盟に加わらせるならば、赤い帽子すなわち枢機卿の地位を与えるとの懐柔策を提起。

１４９６年１１月７日

フィレンツェのサン・マルコ修道院に宛て小勅書を発し、新たに設立するTosco-Romana修道会に加わるよう指令すると共に、これに従わなければ破門すると威嚇。これによってサン・マルコ修道院の独立性を否定し、その長ジローラモ・サヴォナローラの地位と権威、権限を奪おうと再び企図。

１４９６年１１月

サン・マルコ修道会、教皇のこの指令を拒否。結局この小勅書は当面、守られずに終わる。

１４９６年１２月２日

この日？、イサベル１世・デ・カスティーリャ両王に異端審問の功によりel Católico, la Católica（カトリック両王）の称号を授与。

１４９６年１２月３０日

ジョヴァンニ・スフォルツァ宛てに手紙をしたためる。１４９６年１１月にオルシーニ家軍と戦っているフアン・ボルジア軍に合流するよう促したが、ペーザロを動かないジョヴァンニ・スフォルツァの説明と弁解を、了解した旨を回答。

１４９７年１月５日

ジョヴァンニ・スフォルツァ宛てに手紙をしたためる。１５日以内にローマへ出頭するようにと命令。

１４９７年１月２６日～２月５日

教皇軍は、ソリアーノでオルシーニ家軍、ヴィテッリ家軍との決戦に敗れ、１４９７年２月５日、オルシーニ家などローマ貴族と和約。

１４９７年３月３０日

ジョヴァンニ・スフォルツァ宛てに手紙をしたためる。

　汝はあのローマからの出立がいかほど我々に不快であったかを自身で察し得るはずである。かかる行為については償いの道はただ一つしかあり得ない。したがって、もし汝が名誉を重んじるのであるならば、即刻この地に戻られるよう、心から勧告する。

１４９７年５月２６日

マリアーノ・ダ・ジェナッツァーノ修道士の紹介状と、２通ともジョヴァンニ・スフォルツァに宛てた離婚を命ずる書簡に署名。

１４９７年６月６日

枢機卿会議で、フアン・ボルジアとその子孫の領有すべき封土として、ベネヴェントに加えテッラチーナ、ポンテコルヴォとその全ての城塞その他一切を与えるという意思を明らかにする。フランチェスコ・トデスキーニ枢機卿以外全員がこれに同意。しかし、スペイン大使に教会の財産だけは委譲しないよう懇願される。この際大きな財産は関係がなく、しかも問題の土地はすでにニコラウス５世の時代に個人に売却されてしまっていると説明。スペイン大使がそういう行為によって「悪例」を残さないで欲しいと食い下がったので、教皇は怒りの色を見せて彼に、「立ちなさい」と言い、そこで討議を打ち切り、この無礼なスペイン人が出立する後まで延期することにする。

１４９７年６月１２日

ルクレツィア・ボルジアをサン・シスト教会から出させるために傭兵隊長指揮下の武装した一隊を派遣。ジローラマ・ピキー修道院長が談判し、ルクレツィア・ボルジアは修道院に居残る。

１４９７年６月１５日

行方不明のフアン・ボルジアのため捜索隊を派遣し、瀕死の重傷を負って口もきけない馬丁が発見される。

１４９７年６月１６日

ダルマチア人船頭ジョルジョがスキアヴォーニ病院辺りで死体がテヴェレ川に投げ込まれたことを目撃したと証言。しかしフアン・ボルジアの遺体が発見されたのは、ここよりも川上であるため、別の人物を目撃した模様。

正午、ポポロ広場近くのテヴェレ川からフアン・ボルジアの死体が引き上げられる。

夜、フアン・ボルジアの葬列がサンタンジェロ城の橋を渡る時、号泣。

１４９７年６月１９日

枢機卿会議で、各国大使の面前で、息子フアン・ボルジアの死を悲しんで公然と啼泣。「いかなる打撃も我々をこれほどまでに打ちのめしはしなかった。我々はガンディア公を世界の全てよりも愛していたのである。・・・・彼をこの世に呼び戻せるのであれば、教皇の座を７度与えても惜しくはない。・・・・神は我々の罪を罰せられたのである。ガンディア公はあのようにひどい、謎めいた死に方をするはずはなかったのであるから。・・・・ジョヴァンニ・スフォルツァが張本人だとの噂が立ったが、それが無実であることを我々は確認した。ジャン・ガレアッツォ・スフォルツァとウルビーノ公グイドバルド・ダ・モンテフェルトロについてはなおさらである・・・・」。悔いと、清らかな生活を送ると決意。ヴァティカンを徹底的に改革すると宣言し、聖務を細心入念に行い、世俗の事象が教皇庁の中に入り込まないように厳重に監視すると声明。「今後、聖職はそれに値する唯一のものにのみ与えられるであろう。我々は縁故主義を止め、改革を我々自身から始めることにするであろう」。

１４９７年

有徳の聖職者からなる委員会を任命して、その長にジョルジョ・コスタ枢機卿を据え、大掛かりな改革の全ての点について研究するよう指令。他にオリヴィエーロ・カラーファ、アントニオット・パッラヴィチーニ、ジョヴァンニ・アントーニオ・サンジョルジョ、フランチェスコ・トデスキーニ、ラッファエーレ・サンソーニ。

後に改革案はまとめられたが発行せず。

１４９７年

ジローラモ・サヴォナローラから送られた叱責と悔やみの手紙を受納。

１４９７年６月２１日

アスカーニオ・マリーア・スフォルツァ枢機卿に、息子フアン・ボルジアの死に熱い涙を流しながら、ジョヴァンニ・スフォルツァに対して早急に働きかけを開始して離婚を近々に実現させ、しかも醜聞を起こさないようにせよと指令し、さらに、法律上の措置の遅延も許さないが、和解が法律的解決よりも望ましい旨付け加える。

１４９７年７月５日

フアン・ボルジア暗殺事件の犯人捜査打ち切りを指令（１４９７年８月）。

１４９７年７月

スペイン王フェルナンド２世・デ・アラゴン宛てに手紙をしたためる。教皇の職を辞してどこかの僧院にこもりたい。

１４９７年８月末

改革の進捗が鈍る。

１４９７年１２月下旬

ミラノとの結びつきを不要と考え、娘ルクレツィア・ボルジアの訴えに応じて、その夫、ペーザロの君主でルドヴィーコ・イル・モーロの縁戚のジョヴァンニ・スフォルツァとの婚姻を無効と宣言。両者離婚。

１４９８年２月２６日

フィレンツェのシニョーリアに宛て小勅書を発し、「悪の子」ジローラモ・サヴォナローラを自分の元に護送するか、あるいは少なくとも彼を「腐敗分子」として監禁して説教できぬようにするかしなければ、フィレンツェでの聖務を禁止すると威嚇。

１４９８年２月２６日

フィレンツェの大聖堂参事会に宛て小勅書を発する。（大聖堂でジローラモ・サヴォナローラに説教させぬよう指令か？）。

１４９８年３月７日

２月２６日付の小勅書の指令拒否の回答を伝えたフィレンツェの特使ドメニコ・ボンシに怒りをあらわにし、ジローラモ・サヴォナローラの説教を全面的に禁止しなければフィレンツェでの聖務を禁止すると繰り返す。ジローラモ・サヴォナローラ自身の書簡にはさらに激しい怒りを爆発させる。

１４９８年３月９日

フィレンツェのシニョーリアに宛て小勅書を発し、ジローラモ・サヴォナローラの説教の禁止、身柄のローマへの護送ないしはフィレンツェでの監禁を再び命じ、これに従わなければフィレンツェでの聖務を禁止するかそれ以上の重大な処分を下すと威嚇。

１４９８年３月

この頃、在ローマのフィレンツェ商人の身柄を拘束しその財産を差し押さえた上でフィレンツェにジローラモ・サヴォナローラの身柄を引き渡すよう迫り、それでもフィレンツェが従わなければ商人をサンタンジェロ城に投獄し財産を没収することを決める。（但しこの計画は実行されず）。

１４９８年３月２３日

フィレンツェのシニョーリアの３月１７日の回答を伝えた特使に、ジローラモ・サヴォナローラの代理の者が彼と同じことを説教し続けていると強く抗議。

１４９８年４月１２日

フィレンツェ人の全贖宥を認める大勅書を発すると共に、フィレンツェのシニョーリアに宛て小勅書を発し、ジローラモ・サヴォナローラの逮捕に祝意を表しながら、彼の身柄を引き渡すよう要求。

１４９８年５月１２日

フィレンツェのシニョーリアに宛て小勅書を発し、ジローラモ・サヴォナローラを審問するため教皇庁の審問官２名を派遣すると通告。しかし教皇庁内ではこの２名はジローラモ・サヴォナローラを処罰する任務を与えられていると信じられる。

１４９８年６月１０日

ルクレツィア・ボルジアとジョヴァンニ・スフォルツァの結婚は不法であったとの小勅書を発する。

１４９８年６月２０日

アレクサンデル６世は、娘ルクレツィア・ボルジアと元ナポリ王、故アルフォンソ２世・ダラゴーナの庶子ビシェリエ公アルフォンソ・ダラゴーナとの結婚を取り決め、ナポリとの関係を強化。

１４９８年７月

チェーザレ・ボルジアとナポリの王女カルロッタ・ダラゴーナとの結婚についても画策を続ける。

１４９８年７月２９日

ルイ１２世とジャンヌ・ド・ヴァロワの結婚解消問題を検討し討議するための委員会を任命。

１４９８年８月１６日

ルイ１２世とアレクサンデル６世の秘密協定：ルイ１２世はチェーザレ・ボルジアにヴァレンティノワ領などを与え、彼を軍事的に支援し、彼とナポリの王女カルロッタ・ダラゴーナとの結婚の実現に配慮することなどを、教皇はルイ１２世と妻ジャンヌ・ド・ヴァロワの婚姻の無効を承認し、ルーアンの大司教でルイ１２世の宰相ジョルジュ・ダンボワーズを枢機卿に叙任することなどを、それぞれ約束。

１４９９年初め

アスカーニオ・マリーア・スフォルツァを知事に任命していたネピを、城主に強要して取り戻す。

１４９９年

ヤコポ・カエターニをローマに召喚し、サンタンジェロ城に投獄。

１４９９年１月２８日

女婿アルフォンソ・ダラゴーナ、フアン・ランソル・イ・モンカーダ枢機卿、フアン・ロペス枢機卿らと共に、オスティア地方や、カステル・ポルティアーノ周辺の野原で狩りをする。

１４９９年１月３１日

ローマ到着（１４９９年２月１日）。

１４９９年２月

謝肉祭：ルクレツィア・ボルジアと共に、仮面をつけた人々が通るのを眺め、彼らの戯言を楽しむために、サンタンジェロ城の、架橋に面したバルコニーに姿を現す。

１４９９年２月１２日

告解火曜日。

１４９９年３月９日

カエターニ家の財産をルクレツィア・ボルジアに８千ドゥカートで売るよう強要。

１４９９年５月１６日

チェーザレ・ボルジアの使者ガルシアが早馬で駆けつけ、シャルロット・ダルブレとの結婚が遂行されたことを告げる。ガルシアは４日でローマに到着し、疲労のため教皇の前でも立っていることができず、全てを即刻しかも詳細に語るという条件で、座ることが許される。報告は６時間に及び、最初の交渉から６度にわたる結合の成就に至るまで、何１つ省かれることなく語られる。フランス王ルイ１２世がチェーザレ・ボルジアと共に淫らに笑いながら、この点では兜を脱いだと述べたこと。ヴァレンティーノ公チェーザレ・ボルジアによって、王、王妃、ロレーヌ公ルネ２世・ド・ロレーヌ、そしてフランス宮廷の全貴族に供された盛大な酒宴のこと。その他の人々は館の中に収容しきれないので、広い草原に食卓が設えられ、壁掛けが仕切り代わりに用いられたこと。

これによってルイ１２世との関係はさらに固まる。

チェーザレ・ボルジアを用いてのロマーニャ制圧と教会国家再建に対するルイ１２世の支援がより確実なものとなったと判断した教皇は、ルイ１２世とヴェネツィアの対ミラノ同盟を強く支持し、かつミラノからのスフォルツァ家の完全放逐に全面的に同意することを表明。さらにルイ１２世にミラノ攻撃を督促するため使節ラミロ・デ・ロルカを派遣するが、使節はミラノ側に捕らえられる。

１４９９年

この頃？、イーモラとフォルリの君主カテリーナ・スフォルツァとその子オッタヴィアーノ・リアリオなどロマーニャの都市の君主たちを破門し、その教皇代理としての正統性を否認し、かつその追放を訴える小勅書を発して、チェーザレ・ボルジアのロマーニャ攻略に名分を与え、正当化。

１４９９年８月８日

サン・ピエトロ大聖堂でスポレートの修道院長たち宛てに小勅書を発する。

　親愛なる息子たちよ。ごきげんよう、そして神の御恵みを。城主職並びに、スポレートとフォリーニョとその周辺の知事として、貴婦人、ビシェリエ公妃ルクレツィア・ボルジアを信任しました。公妃の、知性、忠誠心、誠実さに完全なる自信を持ち、先の書簡とまた、私と聖座に対するあなた方の常に変わらぬ忠実を熟考するに、義務として公妃ルクレツィア・ボルジアを受け入れ、知事と同じように名誉をもって、彼女への服従を示すだろうと信じます。誇りと敬意をもって彼女が受け入れられ、認められることを願います。私の不愉快を避け恩恵を尊ぶあなた方に、この書簡にて命ずるように、法と慣習の許す限り知事ルクレツィア・ボルジアが適切と考えることに、私に対するものと同じように皆が一致して厳格に従い、彼女の命令を勤勉かつ速やかに実行すれば、その献身は正当な評価を受けるでしょう。

１４９９年９月２５日

４人の枢機卿を伴い、ネピに到着。ボルジア要塞にてルクレツィア・ボルジア、その夫アルフォンソ・ダラゴーナ、ホフレ・ボルジアと会う。

１４９９年１０月１日

ローマ到着。

１４９９年１０月１０日

ネピにルクレツィア・ボルジアを君主として認めるよう、小勅書を発す。

１４９９年１０月１２日

ネピ市民の税を軽減する権限をルクレツィア・ボルジアに持たせる小勅書を発する。

１４９９年１０月初旬

レイモンド・ペラウルド枢機卿を、ペルージアとトーディの総督に任命する。

１４９９年１１月２１日

フィレンツェ共和国宛に勅書を発する。フォルリの宮殿の侍従とカテリーナ・スフォルツァに仕える音楽家の２名、どちらもトンマーゾ名の男を逮捕。空洞のある杖の中に教皇宛の毒入りの手紙を所持していたというのを、教皇の召使トンマジーノ・コスピ・フォルリが発見。

１４９９年１２月

ヴェネツィア共和国宛に勅書を発する。マラテスタ家を支援することをやめるよう要求。

これにより、ルイ１２世はリーミニ回復を支援する準備が整う。

しかしヴェネツィア共和国はこの要求を予見しており、ルイ１２世の支援なしにはロマーニャ攻略を続けることができないチェーザレ・ボルジアを妨害するため工作。結果、ルイ１２世は「教皇に敬意を払うことなく」ジャン・ヤコポ・トリヴルツィオにフォルリとペーザロ攻略に送った軍をロンバルディアの宿営地に戻すよう命令。

１５００年２月２日

聖燭祭を行う。ローマ訪問中のイーモラの外交官２人とフォルリの外交官２人が出席。

１５００年２月３日

アストッレ３世・マンフレディの外交官ガブリエーレ・カルデローニが税を納めるために来るが、長期間支払われていなかったとして受け取りを拒絶。

１５００年２月１１日～１５００年２月１５日

聖座の名における最近の巨額の支出のため、教会財産の増加を目的とし、セルモネータ、バッシアーノ、ニンファとノルマ、ティヴェラ、チステルナ、サン・フェリーチェ、サン・ドナートのこれらコムーネをカエターニ家の反逆に負うものとし、押収することを宣言。１８人の枢機卿が署名。

１５００年２月２６日（水）

１２時にポポロ門でチェーザレ・ボルジアを迎えるよう、全枢機卿他、聖職者、外交官に指令。アレクサンデル６世自身は、ヴァティカン宮殿の門の上のロッジアで、フアン・ランソル・イ・ボルハ、ジョヴァンニ・アントーニオ・サンジョルジョ、フアン・ロペス、ジュリアーノ・チェザリーニ、アレッサンドロ・ファルネーゼと共に立つ。チェーザレ・ボルジアが祭服の間に入った時、アレクサンデル６世は鸚鵡の間に金錦のクッションを５つ持っていき、１つは段になった席に置いて座り、１つは足の下に敷き、３つは足置きの前の床に配置する。扉が開かれ、家臣たちの後に枢機卿たちに挟まれてチェーザレ・ボルジアが入り、教皇の前に跪いてスペイン語で感謝を述べる。教皇が同じくスペイン語で答えると、チェーザレ・ボルジアは両足と右手と口に接吻する。それに続いて家臣たちが足に接吻する。サンタンジェロ城は豪華に飾り付けがされている。

１５００年

チェーザレ・ボルジア帰還後すぐ、フォルリから４人の別の外交官が訪問し、すでに忠誠を誓っているチェーザレ・ボルジアへの降伏を承認するよう嘆願。

１５００年３月４日（水）

灰の水曜日。

１５００年３月９日（月）

チェーザレ・ボルジアにイーモラ及びフォルリを封与。

１５００年３月２９日（日）

四旬節第四主日。サン・ピエトロ大聖堂でのミサの後、チェーザレ・ボルジアに聖庁への特別功労賞黄金の薔薇を授け、彼を教会の旗手及び教会軍総司令官に任命。

１５００年４月１９日（日）

復活祭。アレクサンデル６世の祝福を受けるため、サン・ピエトロ大聖堂前の広場に２０万人の信徒が集まる。膨大な金を取得。

１５００年６月１日

キリスト教諸国、諸権力者に対し、共同の敵オスマン・トルコに団結して向かうよう訴える勅書を発する。しかし自身への諸国、諸権力の不信も手伝い、ほとんど何の反応、成果も得られずに終わる。

１５００年６月２９日

聖ペテロの祝日。不意に人事不省に陥ったりしたが、この日には回復。ヴァティカン宮殿ボルジアの間「教皇の間」で、天蓋の垂れた玉座に座り、子供たちの来訪を待つ。にわかに突風が巻き起こり、続いて「そら豆ほどの」大きさの雹の混じった驟雨となる。フアン・ロペス枢機卿と従僕のガスパーレが、庭に向かって開いている戸を閉めようとしている時、雷が落ち、留守だったチェーザレ・ボルジアの住んでいた上の住居を撃ち、３つの階の天井を貫く。壁と梁が崩れ落ち、窓際の壁の窪みに立っていた２人は難を逃れるが、玉座に座していた教皇は瓦礫に閉じ込められる（１５００年６月２７日）。

救出されると、かすり傷を負った顔と手に血が滲んでいるだけの軽傷だったが、看病の間発熱もあった。ルクレツィア・ボルジアだけに手当させ、フアン・ロペスとチェーザレ・ボルジアの２人のみ見舞いを許す。やがて快癒。

１５００年７月３日

この日には、ルクレツィア・ボルジア、サンチャ・ダラゴーナ、ホフレ・ボルジアがローマにいる。

１５００年７月５日

聖母マリアの礼拝を行う。

１５００年７月

傷の回復に向かっている時、サンタ・マリア・デル・ポポロ教会への行進を行って、３百ドゥカートの入ったゴブレットを聖母マリアに捧げ、フランチェスコ・トデスキーニ枢機卿が人々の前で祭壇に金貨をばら撒く。

１５００年８月８日

リーミニの君主パンドルフォ４世・マラテスタ、ペーザロの君主ジョヴァンニ・スフォルツァ、ファエンツァの君主アストッレ３世・マンフレディを破門し、その教皇代理の職を奪う小勅書を発して、チェーザレ・ボルジアのこれら各地の攻略に名分を与え、正統化。しかし、ファエンツァの市民はこの処置を無視してアストッレ３世・マンフレディ中心に結束。

１５００年８月１０日

フアン・ランソル・イ・モンカーダ枢機卿をスポレートの知事に任命する。但し、スポレートからの歳入はルクレツィア・ボルジアがその権限を持つ。

１５００年８月１８日

チェーザレ・ボルジアの攻撃を恐れるリーミニやペーザロの支援依頼を拒絶したヴェネツィアは、教皇の求めに応じてチェーザレ・ボルジアをヴェネツィアの貴族の列し、教皇とルイ１２世の側につくことを公然と示す。

１５００年９月２８日

新たに枢機卿１２名を任命。

１５０１年

検閲の布告を発す。

１５０１年２月２６日

ジョヴァンニ２世・ベンティヴォーリオの従順を称え、チェーザレ・ボルジア軍のファエンツァ攻略への支援に感謝する小勅書を発する。

１５０１年４月末～５月初旬

この頃、チェーザレ・ボルジアにロマーニャ公の称号を与える。

チェーザレ・ボルジア、トスカーナに軍を進める。ルイ１２世の思惑を懸念し、チェーザレ・ボルジアにトスカーナに入らず直接ローマに帰還するよう指示するが、無視される。

１５０１年５月８日

枢機卿会議で、フェッラーラが個人の封土であるとする。

１５０１年５月

秘書をフランスに送り、ルクレツィア・ボルジアとアルフォンソ１世・デステの結婚に反対のフランス王ルイ１２世を説得しようとするが失敗。

１５０１年６月１日

禁書目録の発明：印刷機を悪用させないための勅書を発する。健全な教義、良い習慣、そして何よりもカトリック信仰に悪影響を与えるような、信仰を汚すようなあらゆることを印刷することに対し激しく抗議。不敬を働き続ける印刷業者は、破門すると威迫し、世俗の武器の力も借りることで聖俗にわたり罰する。信仰を脅かす内容を含む全ての印刷物の目録の準備を指示し、そうすることで精読すべき印刷物を禁書指定から保護することを言明。

この日までに、チェーザレ・ボルジアにペーザロ、リーミニ、ファエンツァを封与。

この日、チェーザレ・ボルジアにカステル・ボロニェーゼを封与。

１５０１年６月２５日

枢機卿会議にて、スペイン大使とフランス大使から正式にフェルナンド２世・デ・アラゴンとルイ１２世のグラナダ協定の報告を受け、これを承認。

教会への反逆、トルコに援軍を要請したなどとして、フェデリーコ・ダラゴーナのナポリ王退位の勅書を発する。

１５０１年６月２８日

サンタンジェロ城の下側の城壁の上に立って、ナポリ王国攻略に出発する軍に祝福を与える。

１５０１年６月２９日

グラナダ協定、公表される。

１５０１年７月１２日

ファエンツァのアンツィアーニとチェーザレ・ボルジアから嘆願されていた、ファエンツァの砲撃で破壊された修道院の再建を許可する小勅書を発する。

１５０１年７月１３日

サン・ピエトロ大聖堂にて、フィレンツェ共和国シニョーリア宛てに手紙をしたためる。代筆はアドリアーノ。

　愛する息子たちよ。ごきげんよう、そして神の御恵みを。愛する娘、淑女カテリーナ・スフォルツァが、そちらに向かっています。気づいているように、当面彼女を捕虜として拘留しておかなければならない十分な理由がありましたが、再び寛大な措置の対象となりました。慣習と司祭の責務によって、ただカテリーナ・スフォルツァに対して情けをかけるだけでなく、神の助けのある限りにおいて、彼女の快適な生活への父の心遣いをしました。それ故、カテリーナ・スフォルツァをあなた方の保護の下に置くということを、手紙に書くことは適切とみなします。そうすれば、私があなた方に対して善意を持っていることに彼女が全幅の信頼を置けますし、いわば彼女自身の国に帰れるのです。期待や私の推薦に惑わされることもないでしょう。したがって、彼女が歓迎され好待遇を受けること、彼女があなた方の町に住むことを選んだこと、私へのあなた方の心遣いに感謝すべきでしょう。

１５０１年７月２７日

ジョルジョ・コスタ枢機卿を補佐としてつけ、ルクレツィア・ボルジアに教皇代行を任せ、騎兵と歩兵を従えセルモネータへ行く。

１５０１年８月２０日

教皇シクストゥス４世時代から教会に対する反抗を理由として、封建領主たち、サヴェッリ家とコロンナ家を破門する勅書を発する。ジョヴァンニ・コロンナ枢機卿も例外ではなかった。破門した家門の財産没収を命じる。

１５０１年９月１日

３歳のインファンテ・ロマーノがチェーザレ・ボルジアと未婚女性との庶子であるとする勅書を発する。「Dilecto Filio Nobili Joanni de Borgia, Infanti Romano」

「チェーザレ・ボルジアではなく、私と未婚にして子を産むという汚点のついた女性のために、先の文書には記載する意思はなかった。子が後の懸念とならぬように、勅書が絶対に無効とされることのないようにするつもりである。そして、私の自由意思と権限のおかげで、これらの書類によって、先の文書に書いたように全ての完全な享受を確認するものである」と、インファンテ・ロマーノを自分の子として認知する小勅書を発する。

１５０１年９月４日

ルクレツィア・ボルジアとアルフォンソ１世・デステの署名された結婚契約書を持った使者がローマに到着。サンタンジェロ城の祝砲を撃たせる。「教皇選出の時のような祝砲と花火が打ち上げられた」

１５０１年９月

枢機卿会議で、エルコーレ１世・デステを称賛し、イタリアで最も素晴らしく賢明な君主と言う。アルフォンソ１世・デステはチェーザレ・ボルジアよりも顔立ちのいい素晴らしい男で、前妻アンナ・マリーア・スフォルツァは神聖ローマ皇帝マクシミリアン１世の義理の妹であったことも付け加える。フェッラーラは幸運な国で、エステ家は古い家柄である。君主たちの結婚の繋がりは、もうすぐローマへ来て花嫁を連れていき、エリザベッタ・ゴンザーガが付き添うことになる、と述べる。

１５０１年９月１７日

枢機卿会議で、シクストゥス４世に義務付けられたフェッラーラの聖座の封土としての賦課金を４百ドゥカートから１百フィオリーノ（４千ドゥカートを３分の１）に減額する投票を行う。猛反対が予想されたが、女子修道会や教会を創建し、町を繁栄させ、それ故教皇領の砦となっていると、エルコーレ１世・デステがフェッラーラのために行ったことを説明。フランチェスコ・ボルジアらの勧めもあって、認可される。枢機卿２３名が署名。この譲歩はアルフォンソ・ダラゴーナとルクレツィア・ボルジアの後裔のためと、アレクサンデル６世は明言。

ネピとセルモネータの所有権をルクレツィア・ボルジアに放棄させ、破門した領主たちから取り上げた地域をネピ領とセルモネータ領に分け、ネピをインファンテ・ロマーノに、セルモネータをロドリゴ・ダラゴーナに与える勅書を発する。

１５０１年１１月２日

万霊節。カタルにかかったことを理由としてサン・ピエトロ大聖堂に現れず。

１５０１年１２月８日

イッポーリト・デステ枢機卿率いる花嫁ルクレツィア・ボルジア出迎えの一行が出発した知らせを受け、エルコーレ１世・デステ宛てとイッポーリト・デステ宛ての、満足と祝賀の意を記した２通の勅書を発する。

１５０１年１２月２８日（火）

ローマにて、ネピの修道院長たち宛てに教皇書簡をしたためる。

　親愛なる息子たちよ。ごきげんよう、そして神の御恵みを。神に愛される娘、高貴な淑女である公爵ルクレツィア・ボルジアが、愛される息子でフェッラーラ公の長子アルフォンソ１世・デステとの結婚のために、次の月曜日にここを出発し、多くの貴族のお供と、２百の騎馬に伴われて、あなた方の地域を通過します。それ故、もし私の好意を尊び、不愉快を避けるならば、滞在する１日２晩の間彼らを歓迎することを望み、また命じます。そうすれば、あなた方全員が私の称賛を受けることになるでしょう。

１５０１年１２月２８日（火）

ローマにて、トレヴィの政府宛てに上記と同様の教皇書簡をしたためる。

１５０２年１月５日

ルクレツィア・ボルジアに、随員と、車馬のための金、グッビオで出会った後ウルビーノ公妃エリザベッタ・ゴンザーガと共に旅をするための駕籠などの贈り物を与える。

１５０２年１月１０日

小勅書を発する。チェーザレ・ボルジアのボローニャなどとの和議を承認。

１５０２年２月２？日

ピオンビーノ滞在中、聖アウグスチノ修道会のピオンビーノ大聖堂を聖別。

１５０２年４～５月

チェーザレ・ボルジア、ローマでマルケ及びトスカーナ攻略の態勢を公然と整え続ける。

アレクサンデル６世は、チェーザレ・ボルジアの攻略の主目標はカメリーノだと公表し、カメリーノの君主ジューリオ・チェーザレ・ダ・ヴァラーノの地位を否認。

１５０２年６月

アレッツォの暴動とヴィテロッツォ・ヴィテッリによる占領に関して、フィレンツェ共和国大使が教皇軍所属のヴィテロッツォ・ヴィテッリの逸脱行為を訴えるが、これに対しアレクサンデル６世は関与を否定。

１５０２年６月

アレッツォで捕らえられているアレッツォ司教コジモ・デ・パッツィを釈放するよう小勅書を発する。

１５０２年６月１２日

勅書の中でインファンテ・ロマーノをチェーザレ・ボルジアの子として記載。

１５０２年６月１４日

枢機卿会議にて、ピサから保護を求められているが、自身もチェーザレ・ボルジアも要望に応じないだろうと言う。

１５０２年７月２１日

税に関する勅書の中でインファンテ・ロマーノを自分の甥として記載。

１５０２年９月２日

インファンテ・ロマーノをカメリーノ公に封ずる。フランチェスコ・ボルジアを彼の代父とする。

小勅書を発する。ボローニャ大学に通っていた時からの、ボローニャに対する変わらぬ好意を述べる。長年にわたり不穏と苦悩に悩まされてきたボローニャについて忠告するため、ジョヴァンニ２世・ベンティヴォーリオと彼の息子たちアンニーバレ２世・ベンティヴォーリオ、アントーニオ・ガレアッツォ・ベンティヴォーリオ、アレッサンドロ・ベンティヴォーリオを召喚。審議のための権限を有する２名の外交官を送るようSedici del Reggimentoに命じ、１５日間の猶予を与える。

１５０２年１１月４日

小勅書を発する。チェーザレ・ボルジアとマジョーネ連合の和睦を批准するため、教皇の代理としてフランソワ・トローシェに委任。

１５０２年１１月２５日

チェーザレ・ボルジア宛に小勅書を発する。ジョヴァンニ２世・ベンティヴォーリオとの同盟文書を送ると共に、チェーザレ・ボルジアにその批准の許可と権限を与える。

１５０２年１２月２０日

チェーザレ・ボルジアの宮廷では、グイドバルド・ダ・モンテフェルトロは公爵の地位を放棄し、代わりに枢機卿の赤い帽子を与えると言われていた。しかし、この日、アレクサンデル６世はヴェネツィアの外交官に、モンテフェルトロ派に求められた帽子を与えることを望んでいないことを告げ、反対する妻のエリザベッタ・ゴンザーガを称賛。

１５０３年１月３日（火）

ローマでセニガッリアの罠を密かに伝えられ、１６刻（現９時１分）頃、オルシーニ家の中心人物ジョヴァンニ・バッティスタ・オルシーニ枢機卿をヴァティカン宮殿鸚鵡の間で逮捕し、ノーナ塔に投獄。

フィレンツェ大司教リナルド・オルシーニ、ジョヴァンニ・バッティスタ・オルシーニ、ベルナルディーノ・ダルヴィアーノ（バルトロメオ・ダルヴィアーノの兄弟）、ヤコポ・サンタクローチェ、アントーニオ・サンタクローチェも逮捕。オルシーニ家のモンテ・ジョルダーノ宮殿を差し押さえる。

１５０３年１月４日

朝、ヴァティカン宮殿諸教皇の間にて、アントーニオ・ジュスティニアーニと会談。死刑を宣告されていたラミロ・デ・ロルカが、チェーザレ・ボルジアにあることを伝えようとし、彼がオルシーニと協力して後者にチェゼーナ領を与えようとしていたことを伝えた。だが、傭兵隊長たちとの和議の結果、今ではそれはならず、ヴィテロッツォ・ヴィテッリはオリヴェロット・エウッフレドゥッチと一致して、チェーザレ・ボルジアを殺害する計画を立てた。セニガッリアに入るところを弩兵に撃たせる作戦で、このためチェーザレ・ボルジアは非常に用心し、終了するまで決して甲冑を脱ぐことはなかった。ヴィテロッツォ・ヴィテッリは死ぬ前に、ラミロ・デ・ロルカが話したことは全て本当だと告白した。

１５０３年１月下旬

オルシーニ家は、自領保全のため一族を挙げて決起。同家の宿敵コロンナ家、サヴェッリ家も協調する動きを示し、ローマ周辺に不穏な動き強まる。これに対処するため、チェーザレ・ボルジアにローマへの帰還を促す。

１５０３年２月７日

オルシーニ家を教会への反逆者と見なすと布告。

１５０３年２月１６日（木）

チェーザレ・ボルジアのブラッチャーノ征服支援のため、サンタンジェロ城から大砲を送る。

１５０３年２月２０日（月）

枢機卿秘密会議にて、オルシーニ家が隠密にローマに侵攻し、枢機卿たちの邸宅を略奪する計画を立てていると話す。それ故、物資を家に蓄え、大砲をもって守るべきと警告。 チェーザレ・ボルジアが、ブラッチャーノ他オルシーニ家の拠点の制圧の指示に従いたがらず、教皇軍総司令官であるにもかかわらずフランス王の言うことに傾倒していると苦情を述べる。何としてもブラッチャーノ他の征服を強く主張することを宣言。 ジョヴァンニ・バッティスタ・オルシーニ枢機卿が釈放のために２万５千ドゥカート支払うことを申し出た。枢機卿が元気を出し何よりも自愛するよう慰め、諭し、全医師に看病に当たるよう指示した。

１５０３年２月２２日

ジョヴァンニ・バッティスタ・オルシーニ枢機卿、サンタンジェロ城内で獄死。アレクサンデル６世の指示による毒殺と噂される。

１５０３年３月２９日

パンドルフォ・ペトルッチは、ルイ１２世を後ろ盾としてシエナに復辟。

教皇とチェーザレ・ボルジアの版図、権勢のこれ以上の拡大を警戒し、フィレンツェやシエナなどと秘密裡に交渉していたルイ１２世は、これら諸国の保護とこれら諸国による自分のナポリ攻略の支援とについて合意し、シエナにパンドルフォ・ペトルッチを復辟させてチェーザレ・ボルジアを退ける。

教皇とチェーザレ・ボルジアは、とりわけ教皇はルイ１２世から離反し、彼と対抗するフェルナンド２世・デ・アラゴン及びヴェネツィアに傾倒し始める。

教皇庁に８０の官職新設され、高額で売買される。

１５０３年４月１０／１１日

枢機卿ジョヴァンニ・ミキエル急死。直後、彼の巨額な遺産を接収する指令を発す。教皇指令による枢機卿毒殺の疑い広まる。

これらの聖職売買、遺産接収による収入はチェーザレ・ボルジアに軍資金として送られる。

１５０３年７月２８日

枢機卿会議にて、チェーザレ・ボルジアが騎兵５百と歩兵２千を指揮して、ナポリのフランス軍に参加することを宣言。

１５０３年８月９日

フェッラーラ教区長にイッポーリト・デステを任命する小勅書をしたためるが、発行されず。

１５０３年８月１２日（土）

朝、病に倒れる。

１５０３年８月１３日（日）

晩課後の６刻、発熱し、熱が続く。

１５０３年８月１５日（火）

１３オンス瀉血され、いったん熱が治まって小康状態になる。

１５０３年８月１７日（木）

午前９刻、薬を飲む。

９刻、カリーノラ司教ペドロ・ガンボアに告解。ペドロ・ガンボアがミサを行い、床に就いたまま聖体の秘跡を受ける。この時、ハイメ・セッラ・イ・カウ、フアン・ランソル・イ・モンカーダ、フランチェスコ・ボルジア、ハイメ・デ・カサノヴァ、フランシスコ・ガルセラン・デ・ロリスの５人の枢機卿が臨席。

１５０３年８月１８日（金）

晩課の時刻、ペドロ・ガンボアにより終油の秘跡を受けた後、ヴァティカン宮殿諸教皇の間控室にて、病死。死因は三日熱（マラリア）によるものと推定される。

この時チェーザレ・ボルジアも同じ病の床にあって行動できず。

評判の悪かった教皇の遺体はサン・ピエトロ大聖堂の司祭たちに、教皇庁の役人に強要されるまで埋葬を拒否される。葬儀にはたった４人の高位聖職者が参列した。サンタ・マリア・デッレ・フェッブリ教会（現サン・ピエトロ大聖堂聖具室）に埋葬。

１６１０年１月３０日

カリストゥス３世の遺骨と共に、サンタ・マリア・イン・モンセッラート・デリ・スパーニョリ教会に移される。

１８８９年８月２１日

スペイン人彫刻家フェリペ・モラティーリャによって霊廟が完成。